小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
半田清舟（岛崎信长 配音）身为著名书道家半天清明的儿子，有着一段不同寻常的童年。半田拥有英俊的外表和聪慧的头脑，却偏偏性格内向不善言辞，接二连三的误会让他成为了同学们眼中的“怪咖”，而向来笨口拙舌的半田自然无法替自己正名，就这样，校园中关于“半田之壁”传说不胫而走，总是曲解他人好意的半田该如何翻身？总是戏弄半田的川藤鹰生（兴津和幸 配音）、成绩优异具有领导气质的相泽顺一（广濑裕也 配音）、样貌英俊总与半田较劲的二阶堂礼绪（柿原彻也 配音）、 身强体壮的肌肉男筒井茜（细谷佳正 配音）、和半田境遇相似的近藤幸男（山下大辉 配音），在他们的陪伴和帮助之下，半田最终能否走出心灵的桎梏，获得周遭的认同呢？
怪兽世界的侦探多罗邀请原作主角、怪兽猎人麻衣剑野参加武术大会，以选出下一任怪兽首相。然而，麻衣对此毫无兴趣，因为她从未经历过这样的事。麻衣的妹妹光一直在旁观，于是她介入了。于是多罗奉承光，试图让她以麻衣剑野二号的身份参加武术大会。与此同时，在世界的某个角落，怪兽们正密谋改造一个男孩，控制人类世界……
家里蹲的我突然转生到异世界成为了一国王子，但是……我出生第一天就要被杀掉了。就在我被抛弃于森林之中时，我遭遇到了一只巨大魔兽……魔兽少女与义妹，左拥右抱的新生活开幕！
进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗？浮云楼仙境银行里有什么秘密？被困在镜中世界的金王子，齐娜、菲灵、莫纱、荒石，又会如何呢？火领主自由了吗？辛灵仙子会复活吗？又会发生什么新的奇遇呢？黑衣人到底是谁？女王的真实目的是什么？灵公主为什么囚禁火领主？人类世界会和平吗？
猪猪侠在观看决竞球大赛中，有幸获得明星球员太阳之子签名的决竞球。从此，猪猪侠立志成为职业决竞球运动员。应聘助理教练岗位失败的迷糊与猪猪侠相遇，并与小呆呆、菲菲组成一支决竞球队伍。他们确定共同的目标——夺得联赛冠军。在与超人强队比赛中，猪猪队队员之间缺乏团队合作的弱点暴露无遗。最终大家认清自己在队中的位置，双方打成平手，惺惺相惜，约定一起进军职业联赛。迷糊带队去决竞球协会注册，并报名参加流星联赛。猪猪队开始主动向其它同级队伍挑战。每一场比赛猪猪侠让菲菲专心全力进攻，猪猪侠则接住对方每一个杀球。这让猪猪队在比赛立于不败之地，也逐渐形成自己的风格。
