飞机上的一个乘客突然变得癫狂，又遭遇到飞机强气流，待一切平稳下来，这名乘客已经突发性脑水肿死亡。而这名乘客身份并不普通。他是某保姆单位的高级研究人员，因涉嫌向外间谍组织出卖国家情报而遭到了有关部门的监控。他的离奇死亡使得这场监控和追捕遭到了停滞。而这时，国安局逮住了死者的弟弟王浩。于是想出一计，让侦查员沈亢（孙红雷 饰）扮成王浩，进而引蛇出洞。而这场卧底追捕，与王浩的中间联系人就是飞机上的空姐李小晚（傅晶 饰）。二人在一来二往中，互生情愫。但无奈卧底的身份不得暴露，小晚则纠结王浩黑社会的身份。
继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。
