在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
以蓉城市刑侦总队特别行动小组——机动组为故事核心，无论是精心策划的女明星自杀案、机关算尽的入室盗窃案、天衣无缝的金屋藏毒案、步步陷阱的毒贩袭警案……就算罪犯指东打西、狡计百出，也逃不过刑警的火眼金睛。
当二战行将结束之际，核爆的阴云笼罩在广岛和长崎的上空。科技的发展对我们所处世界的安全所造成的影响是显而易见的。美国差一点就在核竞赛中失利，它也不会有如此的好运。在阿尔伯特·爱因斯坦和一群值得信任的顾问的建议下，亨利·S·杜鲁门总统批准一项绝密计划，即在太平洋西北部偏远的地区设立一个住宅区，用以保护和照料全美最珍贵的人力资源。在那里居住的将是全国最伟大的思想、致力开创科学新纪元的天才科学家。在这里他们将受到最悉心的照料、获得最佳的科研环境。最顶尖的建筑师和规划师们被召集到一起，来打造一个适宜这些超级天才居住的社区。这里能为他们的孩子提供最好的教育，为他们提供最好的医疗服务，在这里生活的每一个人都能这个地方能为他们的孩子提供最好的教育，最好的医疗服务，最好的生活福利设施以及生活质量。建设中的小镇堪与美国任何一个田园风光优美的小镇相媲美。他们之间只有一个区别：即这个小镇不会出现在任何地图上。至少在五角大楼也被列为“最高机密”。
