在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人，都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人，使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W，决然地对抗着园咲家族。园咲家族的目的到底是什么？假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么？隐含着众多谜题，假面骑士W的战斗拉开帷幕……
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第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
魔教教主龙顶天因意外来到现代社会，内心渴望平静生活的他选择留在这里打工。可魔教左右护法江氏兄妹的意外出现，打乱了龙顶天的计划。龙顶天以振兴魔教为由，将二人留下，连同老板娘陈佳怡一起共同经营“幸运咖啡馆”。可令龙顶天没有想到的是，来到现代的不只他们三人，现代的平静生活一次次掀起波澜……
