在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。
美国国家运输安全委员会 (NTSB) 调查员埃莉·莫拉罗 (罗伯逊饰) 对一场石油钻井平台灾难的“官方答案”心生怀疑，于是与一位名叫卡特 (戴恩饰) 的秘密线人合作，进行了一项私人调查。卡特声称，美国最严重的灾难背后都有一个“操纵者”的阴谋，他们操纵股市，为少数人牟取数十亿美元的利益。如今，他们数十年来规模最大的行动即将发生，一场灾难即将袭击华盛顿特区，而他们成功的唯一途径就是让埃莉和卡特成为受害者。
故事始于2011年。一名杀害年轻女人的杀人狂让首都陷入恐慌，大尉米哈伊尔·索洛维约夫警官追踪这名杀人狂已经两年多。在一次逃避追捕过程中，杀人狂用汽车将索洛维约夫撞倒在地。醒来后，索洛维约夫发现自己穿越回了1979年的苏联。虽然不知道自己身上到底发生了什么，苏联警察索洛维约夫正努力地适应周遭的新环境，同时也在试图找出自己穿越的原因。
清纯校园女主or高冷教师？这大概就是青春时期理想中的自己吧！
