Emma是一个小人类女孩，生活在一个充满大生物的世界里，没有人真正知道她是什么。她正在寻找自己来自哪里，属于哪里。一路上遇到了乐于助人的朋友，比如笨拙的天才乌龟牛顿和试图证明Emma不仅仅是表面上的科学家爱德华·沃尔夫。当他们发现一整座由微小人类组成的岛屿和一个狡猾的阴谋时，他们将如何共同拯救这一天？
故事发生在不远的未来，海平面因为不明原因急速上升，大多数地表都沉入了海中。小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜水艇和一堆债务。
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地球的文明在2050年，已经高度发达，人类发明了多种机器人来帮助人类开发能源，但此类机器人在经过长时间使用后，都被地球人废弃在山脚下，被地球人当成了垃圾。
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有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……
田小班是一位十岁大的男孩，他的生活因为一个撞上地球的陨石而永远改变。从天而降的陨石带来了 Omnitrix，让他拥有变身成十种以上外星英雄的能力，而每一个英雄都有独特的神奇力量。自此，阿奔成为一个超级英雄。在爷爷马克与堂妹小玟的帮助下，阿奔肩负起保卫世界的任务。
海宝是彩虹城的守护者，是帮助人类的精灵，有超能力，能够解救人类，看上去憨厚可爱，实则大智若愚。有一天，玩偶星球派来了破坏者丑丑，作为彩虹城的守护者，海宝与丑丑展开了战斗，这是故事中一对主要的冲突角色。但丑丑并不是简单的反面形象，他来自外星球，那个星球因为发展模式出现了问题遭遇了困境。玩偶星球的生物已经丢失去了原本所具有的真情实感，但丑丑的内心中藏有美好的东西，因此，最终被海宝和彩虹城的人们感化。
因为家人工作的原因，原本生活在繁华大都市的鹤木阳渚（高尾奏音 配音）搬到了风景秀美的乡下，并且进入了那里的学校就读。并不适应室外作业的阳渚本想加入学校的手工社团，哪知道在误打误撞之下遇见了名为黑岩悠希（筱原侑 配音）的前辈，在前辈的威逼利诱之下，阳渚最终加入了悠希所在的海堤社。个性大大咧咧，运动神经极为发达的帆高夏海（川井田夏海 配音）、性格沉稳，尤其擅长烹饪的大野真（明坂聪美 配音），再加上一个非常习惯恶搞社员，思维过于活跃和跳跃的社长悠希，阳渚充满了欢笑和汗水的课后部活就此拉开了序幕。
