香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
一九七二年，青年工人张永康（冯远征 饰）正式成为云锦织造的一员，内心充满期待。为了向心爱的姑娘苏慰（何琳 饰）慈表达爱意，他计划了一个别致的婚礼，然而这一切却被他的竞争对手邹狄克无情打破。随着邹狄克的介入，几位青年男女陷入了尴尬而复杂的感情纠葛。二丫对张永康情有独钟，固执地想要得到他的爱，而纯洁坚贞的苏慰慈则不愿放弃自己的初恋。命运在此时却发生了巨大的转折：苏慰慈的神秘背景被曝光，她竟然是一个“汉奸”的女儿。为了保护张永康，她忍痛割舍自己的初恋，违心地嫁给了邹狄克。此时，二丫终于看到了与张永康在一起的希望。然而，命运又一次捉弄了他们。邹狄克意外有了孩子，这一消息使苏慰慈进退两难，她不得不面对婚姻的复杂性。二丫也逐渐意识到，张永康心中仍有苏慰慈的身影，痛苦的她决定放弃这段感情。在经历了一番挣扎后，苏慰慈最终选择远走日本，试图忘记这一切。十几年后，苏慰...
