随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
孙悟空为了拯救终年无雨的花果山，孤身前往只招收神仙学员的仙法学院——三星洞，拜师菩提老祖学习变化无穷的仙术。求学期间孙悟空除了交到一群肝胆相照的好友外，还发生了很多欢乐有趣、啼笑皆非的故事。然而此时，东海龙王正在暗中研制药物，通过控制傀儡的意识使之成为无情的杀手，向天庭复仇。孙悟空与他的同学们发现了龙王的阴谋，齐心协力试图阻止这场将会殃及苍生的争斗，与东海龙王展开了上天入海、横跨仙人两界的终极大战。孙悟空也在此次大战中完成了成长与蜕变，领悟了七十二变的真义。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
