随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
主角江寒，是这个世界上龙之一脉的后裔，本篇从锁妖塔为起点，讲述了一个精彩绝伦，跨越时空的故事。龙化的江寒醒来，开始回忆起了之前的战斗：这个塔里的人，想让我突破至绝巅，我拒绝了，之后醒来我就躺在这里了；而另一旁，一位身着红衣的女子正准备起身回城，她就是传说中的女帝，而正是因为她的苏醒，才有了塔内和江寒的战斗：我在塔内收拾了江寒，恐怕他以后武力散尽，只是个俗人了。女帝走出锁妖塔，望向天空，不远处有一个身影，手持双锤飘在天上，这人正是禁军统领柳元霸，原来柳元霸是收到命令，在此地狙击海皇宗；海皇宗乃是天武大陆的御兽
