在一个悠闲明媚的日子里，儒雅善良的读书人东郭先生牵着他的小毛驴边走边读手中的圣贤经典，甚是自在。这时，他的身后传来呼救声。那是一匹面目狰狞的狼，它正被猎人追捕，走投无路之际，恶狼请求东郭先生让自己藏在书袋中。善良迂腐的东郭先生拗不过这个家伙的请求，只得打开口袋让狼钻了进去。未过多久，猎人赶了过来，向东郭先生询问狼的去向。结果东郭先生指引了一个错误的方位。待猎人走远，恶狼从书袋爬出，却露出狰狞面孔要吃掉眼前的救命恩人。此时此刻，东郭先生悔之晚矣……
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
圣血天使的攻击巡洋舰“巴尔之剑”号悬挂在尼亚德斯星球的轨道上，被亚空间风暴困住。舰上的星际战士们对他们的无所作为感到恼火。他们的指挥官奥菲欧舰长前往地表调查一个神秘信号，但由于大气信号失真，他和他的仪仗队无法联系到。与此同时，“巴尔之剑”号的舰长，舰长莉维亚·索尔肯，不得不应对尼亚德斯轨道塔的阻挠和干扰。塔上的权威人士究竟在试图向圣血天使们隐瞒什么秘密？
