当马克被迫面对自己的过去和未来时，一切都发生了变化，同时他发现还需要走多远才能保护他所爱的人。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
2022年，人类实现了现实世界和假想空间的融合，电子制造商开发了名为《刀剑神域（Sword Art Online）》的在线电子游戏。SAO甫一面世便大受好评，限量一万份的名额在发售当天的短时间内便被抢购一空。通过联网，玩家可以身临其境进入充满想象力和异域风情的游戏世界——浮游城市艾恩葛朗特。玩家在这里可以生活、练武、升级、经商、探险，与真实世界别无二致，却拥有无上的乐趣。曾是少数封测玩家的桐人（松冈祯丞 配音）也是这一万名幸运者中的一员。最初的兴奋过后，玩家们却发现根本无法顺利登出游戏，更为恐怖的是，一旦玩家的HP归零，现实世界中他们的肉体也将死亡。他们被SAO的开发者茅场晶彦（山寺宏一 配音）困在游戏中，顺利逃脱的方法似乎只有一个，那就是完成困难重重的攻略任务…… 本片根据川原砾的轻小说改编。
青春期综合征――传闻中由不稳定的精神状态引发的奇妙现象。曾于高中时期邂逅过各类青春期综合征少女的"梓川咲太"也已成为大学生。作为国民级人气女演员的恋人"樱岛麻衣"一同考入金泽八景某大学的他，在校园里发现了一位不合时令的迷你裙圣诞少女。吃了一惊。"你居然能看见我啊"似曾相识的台词。
灵气复苏，整个世界都被浓郁的灵气所覆盖，地球上的生物被此影响。 人类开始觉醒，拥有更强的力量。人类以外的生物同样在灵气影响下飞速进化。 一些强大而神秘的种族悄然崛起，传说位于力量顶点的便是——异皇族。 机缘巧合，异皇族皇子的灵魂穿越附身在普通人类青年黄尚的身体上...
