《阴谋办公室》是一部成人动画喜剧，围绕影子政府和一支古怪的团队展开叙述，他们每天的苦差事就是制造世界各地的阴谋。从令人费解的掩饰、秘密社团再到蒙面狂欢礼仪，驾驭醒目公司 的办公室文化可能是件棘手的事情，对于不善交际的科技天才丽根·里德利来说尤为如此。即使在一个充斥着爬虫变形人和通灵蘑菇的工作场所，她仍被视为异类，因为她居然相信世界能变得更好。丽根认为，只要能对付住她那个写宣言的疯父亲以及不负责任的同事，她终究会有所作为，并抓住梦寐以求的晋升机会。
故事以主角的第一人称进行，“我”（浅沼晋太郎 配音）是京都大学的一名三年级生，原本期待着有一个玫瑰色多姿多彩的大学生活，希望自己能交上飘逸黑长发的漂亮女朋友。然而事与愿违，主人公经历了一场失败的恋爱，身边的朋友也少得可怜。主人公唯一的朋友小津（吉野裕行 配音），长相像一只妖怪，以捉弄情侣为乐。主人公常常唾弃小津，却离不开他。随后主人公认识了师妹明石（坂本真绫 配音），她是个性格冷淡的黑发少女。正是因为自己当初选择了网球部，才导致大学两年如此失败，于是“我”假想如果自己入学时选择了另外一个社团，会不会经历另外一种截然不同的大学生活呢？本作从平行时空的角度，围绕着主人公重新从大一新生选择社团开始，选择了各种各样不同社团，发展出不一样的青春故事。
