故事主要讲述了在古老而遥远的泛古大陆，人类与恐龙和谐共处。但随着大陆的守护神----“龙神”的力量减弱，以瑞鹰为首的邪恶势力打破了和平。龙神为了拯救泛古大陆，将自己的力量封存在四块龙晶体，传说谁得到这四块龙晶体，就能得到无尚的力量，统治整个泛古大陆。而地球少年龙翔担起了重新恢复泛古大陆和平的重任。正反双方的龙晶体争夺战一触即发……
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由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
