2262年，地球军上尉伊丽莎白·洛克利被任命为巴比伦5号空间站的指挥官。该空间站逐渐发展成为逃离灵能部队的叛变心灵感应者的庇护所，并由此引发了冲突。前纳尔恩驻巴比伦5号空间站大使格卡尔，在纳尔恩-半人马座战争期间被监禁期间所著书籍出版后，不情愿地成为了精神偶像。德拉克人，曾经的暗影联盟盟友，留在银河系，通过一种名为守护者的寄生生物控制了半人马座主星上的摄政王维里尼，并挑起半人马座与星际联盟之间的战争，目的是将半人马座与星际联盟隔离开来，为自己争取一个可塑的家园。
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为了抓住从未露过面的世界头号通/缉/毒/贩/，两名警察必须学会团结协作。
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
这部独特的戏剧的第二部分由才华横溢的导演和编剧创作和执导，描述了一位突然从拍摄中休息的演员的一天。人气演员竹内亮马在八个平行的故事中扮演他自己。
