突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
家族大会之后，炎绝在逃亡路上被叶星云设局击毙，炎武一族实力骤减。玄冥世家蠢蠢欲动，绑架叶雪云想借机与青羽世家摊牌，却被叶星云安插在宁城的密探羽音发觉，最后叶星云亲自前往玄冥地牢，不但救出叶雪云，更在机缘巧合下寻到丢失多年的神物——玄鸟之羽。玄鸟之羽引起天地异象，绝世秘境通天古墓再次现世，各方势力集结宁城，最终谁将得到通天古墓中的绝世珍宝……
正魔大战已过去十年，张小凡化身鬼厉，在魔教内斗中征伐四方。此时死亡沼泽异宝出世，引得各方势力争夺，鬼厉与陆雪琪重逢，两人陷入了更深的爱恨纠葛。后鬼厉因下属失踪一事追查至焚香谷，意外救出九尾天狐小白，获得古巫族线索，最终鬼厉在历经九死一生后，终求得掌握招魂奇术的大巫师答应前往救治碧瑶，十年夙愿，究竟结果如何……
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