突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
大四应届毕业生安岩（王梓 配音）是一个平凡男孩，此时此刻他正为工作的事情而焦虑，当然自视甚高的他时刻不改吐槽毒舌的本性。某天，安岩乘坐公交车去位于山中度假别墅的打工，谁知途中上来三个神色诡异的男女，接着又有一个男子上车将安岩扔了下来。次日一早，安岩在家中醒来，不久便从新闻中得知他前一晚死于公交车事故的噩耗。惊愕之余，昨天那个神秘男子——馗道高手神荼（赵路 配音）。命运将安岩和神荼、张天师（彭博 配音）、王胖子（夏磊 配音）以及T.H.A协会（世界宝藏猎人协会）搅在了一起。他也将踏上一个闻所未闻的神秘旅程……
《超越善恶》原本计划作为该系列的完结篇，但福克斯在最后一刻又购买了几集。因此，最后六集的动画风格有所不同。萨班在菲律宾聘请了一家工作室（简称为菲律宾动画工作室，该工作室也参与了1994年《神奇四侠》系列第二季的制作），因为制作前四季的动画工作室AKOM因其他项目正在筹备中而无法使用。
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