明朝时期，莫问君为寻师父来到落雁镇参加一场神秘的比试，江湖小侠叶知秋也混入了这桩精心设计的阴谋。在经历了生死考验后，两人解开了多年前一段江湖公案之谜，同时莫问君也了解了自己的身世。
隐居深山老林的蒲松龄（成龙 饰）不仅是一名文采飞扬的文学家，更是一个身怀绝技的捉妖高手。在某次珠宝盗窃案中，蒲松龄和金华县菜鸟捕快严飞（林柏宏 饰）结识。在此之后，被衙门提出来的严飞找上山来，死乞白赖要拜蒲松龄为师。适值此时，金华县初县令（潘长江 饰）的独女被女妖聂小倩（钟楚曦 饰）摄走，中途虽有法师宁采臣（阮经天 饰）阻拦，但是小姐却下落不明。得知此讯，蒲松龄带着严飞和一众早已收伏的小妖下山捉妖，结果遭遇小倩的姐姐镜妖（林鹏 饰）阻挠。
时为明朝末年，奸佞当道，世间离乱。强梁啸聚的锦衣卫雄霸一时，无奈江湖上少林中人扶危济贫，匡扶正义，令锦衣卫头目王澄（俞大陆 饰）恨之入骨。为此，他想出一条毒计，命得力手下祁天远（于荣光 饰）化名金光寺僧人了空，伺机潜入少林，图谋成为主持以号令天下。少林弟子惠能（徐向东 饰）得悉王澄阴谋，星夜赶回少林，途中在草原帮助少女林英（林秋萍 饰）一家勇拦惊马。与此同时，王澄率锦衣卫进入少林，逼迫住持圆慧让位祁天远。祁与圆慧比武，暗下毒手。关键时刻惠能及时赶到，并从住持手中得到象征少林正法的木棉袈裟。为有朝一日复兴少林，惠能保护袈裟遁走，而祁等紧追不舍。
海报大书“超立体映画”——龙门客栈故事的红青3D版电影。
