明朝时期，莫问君为寻师父来到落雁镇参加一场神秘的比试，江湖小侠叶知秋也混入了这桩精心设计的阴谋。在经历了生死考验后，两人解开了多年前一段江湖公案之谜，同时莫问君也了解了自己的身世。
明朝末年，权宦魏忠贤独裁专权，皇上筹谋铲除魏忠贤。此时，原本要入宫为妃的洪御史之女莫名死亡，六扇门都指挥使向石派出叶飞和云灵与魏忠贤斗智斗勇，查清案件真相。魏忠贤设下更大陷阱，六扇门惨遭屠戮。叶飞和云灵奋起反击，与皇上联手，终将魏忠贤铲除。最终，云灵入宫为妃，叶飞接掌六扇门。
大劫将至，元始天尊交付姜子牙封神大任。嫉恨的申公豹为了谋夺盘古之斧，设计夺取金霞洞守护的盘古之心，杨戬下山寻回，在哮天、风灵儿、风有为等众的帮助下与申公豹争斗，最终开启天眼，打败了申公豹，从其手中夺回了盘古之斧。
