故事发生在清朝，又一批新的秀女从地方推荐到京城参加选举了，其中包括湖广总督的女儿侯佳玉莹（黎姿 饰）、出身上三旗的尔淳（佘诗曼 饰）等名门望族的女儿。岂料，半路运送这些秀女的官车遭到山贼打劫，官兵都被山贼杀害，眼看这些秀女就要落入山贼手中。这时，运送贡品香芒上京的孔武（陈豪 饰）和陈爽路过，将秀女救下。随后，他们历尽艰苦躲过追杀，终于将秀女安全护送到京。
王振扬即将上任成为香港警务处长，而他的上任势必会给香港龙蛇混杂的黑道以重大打击。侯家是香港最大的黑帮，其话事人侯文华（魏骏杰 饰）扬言会在一个月之内让王振扬知道他们的厉害，重振黑道雄风，警方派出情报科高级督察黄家辉（郑嘉颖 饰），命其不顾一切保护王振扬的安全。侯文华联手泰国毒枭企图垄断东南亚毒品市场，他们的阴谋被女警丽塔（施莉达 Sririta Jensen 饰）识破，经过调查，这一切犯罪行动和富商郑坤有着撇不清的关系。西九龙重案组队长冯志伟（方中信 饰）邂逅了名为彭惠（蒙嘉慧 饰）的女子，后者实为侯文华的心爱之人。在侯文华的精心设计之下，冯志伟蒙上了杀警的不白之冤，与此同时，冯志伟亦发现在警局之中存在着黑帮卧底。
产科医生王甫芬（张家辉 饰）天资聪慧，但又傲慢自负，对于女友死在他怀中，而自己却束手无策他始终心存愧疚。八年前，他与心内科医生齐百恒（林峯 饰）一块远赴非洲执行援外仼务，亲眼目睹了人类在大自然中生存的韧性，援外的八年中，他的人生观发生了巨大改变。回港后，他不再为名利所累，一切以病人为中心，在慈善家的资助下，开设了龙城医疗中心，专心致志为病人服务。百恒初入龙城，他十分惊诧甫芬的工作作风，甫芬为病人治疗不惧踏医学雷区，不按常理出牌，但往往效果出人意料的好，久而久之，近朱者赤，百恒被其人道主义精神所感染，更被甫芬“即医病又医心” 的品德所感动......
继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。
秦朝末年，苛捐杂税重如山，民不聊生。富家千金吕雉（张可颐 饰）虽为女儿身，却胸怀大志，女扮男装外出寻找有志之士。她发现了时任泗水亭长刘邦（郑少秋 饰）宅心仁厚，对他渐渐生出好感。项羽（江华 饰）密谋起义，为了招揽黥面贼英布，单枪匹马闯入秦军军中将英布的仇人将领赵常斩杀，终于将英布收到帐下。刘邦发现了项羽的秘密。项羽本来想杀他灭口，但刘邦却对他表现得十分敬畏，哭诉了暴秦令人民生活凄苦，因此愿为他效力推翻暴君。于是项羽被感动了，决定招揽他，两人更以兄弟相称。随后，吕雉主动嫁给了刘邦，她知道自己将会辅助刘邦成就大业。秦始皇病逝，赵高扶立秦二世，秦二世荒淫无度，更引得天下大乱，群雄并起。项羽时势造英雄，终于揭竿起义了！
天光（郭晋安 饰）是重案组的CID，为人刚直不阿黑白分明。在追查一宗连环杀人案时，发现疑凶竟是二十年前从父亲手上逃脱的犯人。天光父亲大河（许绍雄 饰）是一名资质平庸的警察，且粗心大意不思上进，不仅让罪犯逃走，更是死在妓女床上，让天光母子蒙受巨大屈辱。以写作实况小说知名的作家高珊（陈慧珊 饰）此次亦追踪着天光手上的案件，二人对案件的不同理解造成摩擦，纷纷竞逐真相。
河口悬本是个民风淳朴，山明水秀的好地方，可是上任不足一年的知县─厉之珏，办案手法胡涂，凡事包庇当地首富欧阳贵，为百姓所齿冷、不得民心，更被视为十年难得一见的「狗官」，背后更被谑称为「九公子」。其实厉之珏本性并不太坏，亦颇有聪明，考得功名后随父亲加入捕快行列，更因一次机缘巧合，救了当地富商欧阳贵，因而被欧阳贵看上，以金钱及手段为其打通关节，让厉之珏成为当地知县，作为自己在官场中的棋子。厉之珏当上县官后，亦曾有过抱负，冀望有所建树，令一众百姓安居乐业，可惜小舅父尤沾旺错手杀人，把柄为欧阳贵掌握，厉之珏只得无奈接受欧阳贵的操控，无论在办理案件，甚或在施行政策上皆以欧阳贵利益为依归，久而久之，办案和做人处世也变得得过且过，毫无原则。厉之珏有一未婚妻钟环，她一直对厉之珏千依百顺，然而在厉之珏当上县官之后，她对厉之珏的态度亦随之大变，从前温柔体贴的性格，演变成为...
