无论多强的敌人都可以在6秒内击杀他」的天才杀手“寓言”（冈田准一），被BOSS命令去大阪隐居一年，期间不可以杀害任何人。于是他化名为佐藤明，与伪装成自己妹妹的拍档佐藤洋子（木村文乃）移居大阪，在那里他第一次遇见了一般人女性·清水岬（山本美月），本该开始普通的日常生活，但是……

空中响起奇怪的声音，人们一个接一个地倒下，并最终消失。出现在前往调查的精英部队GUTS-SELECT队员们面前的是，一波波来袭的外星人军团，以及驾驶着漆黑要赛艇“佐尔加乌斯”的支配者基贝尔斯教授，它妄图扭曲地球的天空。

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因诽谤罪被捕的座头市，被因无罪被判处死刑的黑道岛三送进监狱，为的是给他一个弟弟黑间千八或荒井的老大十兵卫，以证明自己的清白。他让我去拜访他。第二天早上，一离开监狱，加入了年轻的黑帮百太郎，但一一脱下草鞋，前往青田的釜树，与一一有着深厚的渊源，受到了无与伦比的款待，并与这座城市分道扬镳。几天后，一在大洗的一家旅馆拜访了黑间千八，向他讲述了岛三的情况，并请求他的合作。千八一度接受了这一点，但那天晚上，黑间家族在睡梦中袭击了他。一以自己的专长居合紫里击败了刺客，并得知是荒矶十兵卫贿赂了政府官员并制服了岛藏，并救出了黑间家族的人。女人奥梅.从那以后，青梅就很喜欢一，再也不想离开。此后的几天里，一都被伪装成百太郎的假座头市所困扰，但出于对岛三安全的担心，他匆忙前往荒矶的十兵卫。当时，岛仓的女儿Ochiyo绝望地请求十兵卫以某种方式拯救岛仓。然而，十兵卫却利用了十代的弱点，试图窃取她的身体。然而，千钧一发之际，一却用致命的“Gyakuteziri”击败了十兵卫的心腹，并迫使十兵卫写了一封证明岛三清白的信。在那里，一从太千代那里得知百太郎是岛藏的儿子。市政府立即将十兵卫的信转交给了被关押在刑场的岛仓。在岛三因被证明无罪而流下喜悦的泪水后，这座城市的孤独形象消失在鹿岛海的沙丘中。紧随其后的是拼命追赶的大米……

为了祭奠死于自己手中的人，座头市继续在四国的札所一带游历。路途中被骑着马的荣五郎袭击，结果座头市又一次开了杀戒。痛心疾首的市前去拜访了荣五郎的妹妹小吉，却被知晓了前因后果的小吉挥刀相向。市心甘情愿地挨了一刀。小吉原本心地善良，便照顾起被自己所伤的市，又告诉市关于荣五郎为了还债而受命前去刺杀他的事情。

20世纪90年代初，日本政府秘密进行了人体进化实验。他们通过不同的方式向两组实验儿童体内移入动物或昆虫的基因，以使他们获得超长的能力。与之相对，这些孩子必须面临成年后身体崩溃的厄运。二十年后，荏碕昴（冈田将生 饰）和沙耶（成海璃子 饰）、亘（白石隼也 饰）、隆二（濑户利树 饰）、良介（清水寻也 饰）等斯巴鲁小组成为政客渡濑（伊原刚志 饰）的工具，从事无法大白天下的工作。未过多久，学（染谷将太 饰）和静（高月彩良 饰）、壮（铃木伸之 饰）、秀（柳俊太郎 饰）、碧（黑岛结菜 饰）、桃（松冈茉优 饰）等人领导的凤蝶小组向制造他们不公命运的人们展开复仇。悲剧的两组人马发生宿命的碰撞……

座头市踏上去看富士山第一日出的旅程，在一瞬间，他重伤了沿途袭击他的五名黑帮。五人得知自己受伤后，踏上了追城之旅。当时，一正假装在前往江之岛的游轮上，但在途中得知有人在船上作弊，反而利用骗局勒索了一大笔钱。在那里，一认识了热爱将棋的浪人十文字忠。到达江之岛后，一被船上的骗子老大江岛屋叫来，被白刃包围，但由于一的花招，江岛屋等人撤退了。然而，在骚乱中，路过的喜剧演员大田陪同的女儿美纪受伤了。伤口恶化，他患上了破伤风。出于责任感，一利用从十文字继承的十文字攻击技术筹集资金，购买了南蛮渡洗的草药，这是一种治疗破伤风的特效药。市里买来的生药让三木的伤口完全愈合了。然而，当一来到箱根带三木去温泉治疗时，他通过接受按摩治疗的经历认识了患病的年轻武士友之进、妹妹久米以及她们的同伴六平。友之进和他的朋友们四处游荡，寻找父亲的敌人。但一天晚上，唯一认得敌人面孔的六平被一根线一样的东西杀死了。第二天早上，一在弁天池里发现了十文字最喜欢的浮标，六平就是在那里被杀的。关于十文字的怀疑在城内蔓延。十文字或许也察觉到了这一点，从此开始对这座城市产生了杀机。此外，从友之进的证言中，他了解到他的敌人热爱将棋，并且有一个奇怪的习惯，当他处于巅峰状态时会打响指。没有更多的错误。这就是他与一下棋时所表现出的十文字习惯。第二天，一和十文字带着双双受伤的美木和大种离开了旅馆。走在箱根蜿蜒的山间，两人心里下着将棋，等待着对决的时机。一瞬间，两把白色的刀刃跳了起来。倒下的是十文字。一用他的特技攻击击败了追赶他的五人小组，独自离开了山路，美希用崇拜他的声音呼唤着他。

颠沛流离，上下只有十六文的盲人按摩师座头市（胜新太郎 饰）辗转回到故乡笠间。虽然厌倦黑道搏杀，可是命运前定，此前死于阿市刀下的勘兵卫的弟弟岛吉（须贺不二男 饰）尾随而至，发誓报仇。剑拔弩张时刻，传授阿市居合刀法的浪人之子伴野弥十郎（河津清三郎 饰）出面制止，并将徒弟带回自己的住所。故地重游，以及弥十郎温柔的妹妹弥生（坪内ミキ子 饰）都令阿市心发无限感慨。然而严苛的现实早已改变弥十郎，他一面逼妹妹嫁给殷实人家，一面又暗中与盘踞附近的天狗党勾结干着绑架勒索的营生。

“座头市”三年前误杀了一个男子“吉藏”，因而来到上州的板仓村时想去吉藏之墓上一炷香。板仓村因为连续三年欠收，无法上缴年贡，好不容易全村筹出了三千两年贡要送缴“代官”时，竟然遇上不明的抢匪，三千两年贡就这样不见了……

5年前，也就是发生警视厅副总监绑架事件的5年前，湾岸还是一片普通的地方。如今，这里已经建设了每年4000万游客的观光线路。随着观光客的增加，湾岸发生的案件更加复杂与多样。是次的连续猎奇杀人事件，便是令警视厅上下都坐立不安的案件。毫无线索的凶手，凶残的杀人手法。青岛俊作（织田裕二饰）带领女同事小堇（深津绘里饰）、从美国留学回来的谈判专家真下正义（中山裕介饰）一起，向犯罪分子宣战，一定要保卫湾岸的和平！

幼时的玩伴变成了勾结官匪的奸商，座头市回乡却找不到人情，最后只得继续挥刀，在夕阳中走远。座头市系列元素的大融合，依然够气派。最后的米仓大战有效利用了米粒倾泻的音效和环境，摄影突出，断手断脚的血腥场面为系列之最。座头市对养母和同伴的感情戏最为动人。