这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。
家族大会之后，炎绝在逃亡路上被叶星云设局击毙，炎武一族实力骤减。玄冥世家蠢蠢欲动，绑架叶雪云想借机与青羽世家摊牌，却被叶星云安插在宁城的密探羽音发觉，最后叶星云亲自前往玄冥地牢，不但救出叶雪云，更在机缘巧合下寻到丢失多年的神物——玄鸟之羽。玄鸟之羽引起天地异象，绝世秘境通天古墓再次现世，各方势力集结宁城，最终谁将得到通天古墓中的绝世珍宝……
这里是地球的某个角落，由丛林组成的原始岛屿。 奇怪的是，这里生活着三个像遭到抢劫一样的朋友。有人类少年“奥格利”， 笨熊“巴洛乌”，过度早熟的“蠢货”。 某一天，不知道是不是快递派送失误，从天上掉下了几个箱子，箱子里的各种东西给生活在原始世界的三位朋友带来了很大的混乱。 接触到陌生的现代文明的他们，今天究竟会度过怎样奇怪的一天，让我们拭目以待。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
