天地异象，乾坤逆转，这一日，林凡降生，一跃成为天门帝子，又被天门创始老祖收入门下。一切都按照最标准的天道之子、主角之路光辉进行... 但，在一次平凡的不能再平凡的爆炉事件中，意外发生了...林凡的记忆觉醒了！
家里蹲的我突然转生到异世界成为了一国王子，但是……我出生第一天就要被杀掉了。就在我被抛弃于森林之中时，我遭遇到了一只巨大魔兽……魔兽少女与义妹，左拥右抱的新生活开幕！
哈洛克 (S-00999)、大山藤一郎 (S-00998) 和艾梅拉达斯 (X-00001) 乘坐阿卡迪亚号逃离被侵略者伊鲁米达斯占领的地球。随后，他们被列入全宇宙通缉名单，通缉代号为 SSX，尽管遭到了 Illumidas 军队的攻击，他们仍然与包括外星人 La Mime 在内的同伴一起继续旅程，寻找他们认为存在于宇宙某处的乌托邦“阿卡迪亚”。战斗中，地球男孩物野忠、女孩利威尔和雪萤加入了队伍，班博士则担任船医。另一方面，伊路米达斯地球占领军命令年轻的天才科学家佐恩先生对阿卡迪亚号进行分析和调查，以建造一艘超越阿卡迪亚号的飞船。佐恩先生也踏上了前往阿卡迪亚的太空之旅。
迈克泰森、他的养女、一个友好的幽灵和一只酗酒的鸽子解开了谜团。
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。
