奇利男谢洛（森久保祥太郎 配音）是大陆最强魔术士查尔德曼（中田让治 配音）的得意弟子，在获得了“钢之继承者”的名号之后，谢洛离开了牙之塔，化名欧菲踏上了寻找姐姐阿丽莎的旅途。虽然阿丽莎已经异形化，并且犯下了滔天的罪行，但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。在旅途中，欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥（大久保瑠美 配音），和非常崇拜欧菲，拜他为师的青年马吉克（小林裕介 配音），三人结伴而行，与此同时，欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友，决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。
半田清舟（岛崎信长 配音）身为著名书道家半天清明的儿子，有着一段不同寻常的童年。半田拥有英俊的外表和聪慧的头脑，却偏偏性格内向不善言辞，接二连三的误会让他成为了同学们眼中的“怪咖”，而向来笨口拙舌的半田自然无法替自己正名，就这样，校园中关于“半田之壁”传说不胫而走，总是曲解他人好意的半田该如何翻身？总是戏弄半田的川藤鹰生（兴津和幸 配音）、成绩优异具有领导气质的相泽顺一（广濑裕也 配音）、样貌英俊总与半田较劲的二阶堂礼绪（柿原彻也 配音）、 身强体壮的肌肉男筒井茜（细谷佳正 配音）、和半田境遇相似的近藤幸男（山下大辉 配音），在他们的陪伴和帮助之下，半田最终能否走出心灵的桎梏，获得周遭的认同呢？
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
新来的班导师木林呪理居然是个灵媒师，由于她的兴趣是降灵，因此动不动就在课堂上降灵附身或是天外飞来一句令人惊恐万分的话，不过理由都是为了教学或是出于善意要保护学生。对于降灵与超自然以外的领域一窍不通，再普通不过的日常生活，在她身上经常会有出人意表的发展，也因此闹出许多笑话。跟着木林老师一起来学着如何与生活中的妖怪和平相处吧。
