这一季对应原著小说第七部和第八部，主人公乌特雷德尝试夺回贝班堡未果，后又卷入麦西亚君位之争，并再次面对丹麦人入侵。
丁常旺（郭晋安 饰）自幼就患有智障，智力一直停留在7岁水平，由单身母亲一手带大。阿旺虽然智力不高，但为人正直、十分热心，他和街坊阿凤（宣萱 饰）从小一起长大，青梅竹马；阿凤升学时阿旺甚至将自己的全部积蓄交给阿凤，让她能安心在美国完成学业。阿凤学成归来后进入了本地一家大集团钟氏集团工作，阿旺为了保护阿凤不被坏人欺负，亦进入钟氏集团当了一名信差。钟氏集团的老板（秦沛 饰）其实就是阿旺的亲生父亲，他同父异母的大哥钟子聪（黄宗泽 饰）也在钟氏任经理。阿旺乐于助人、尽职尽责的人生态度感染周围的许多人，只是，他7岁的智力水平能否应付成人世界里的虚伪？
故事发生在军阀割据的二十世纪二十年代。为了破获首富郭老爷家丢失的古籍《二十四孝》的案子，江南某县城警察局警探陈九斤联合郭家大公子郭盖、线人万小宝等人，抽丝剥茧，循着《二十四孝》的线索，寻找到当年受嘉奖的二十四位孝子后人，积齐二十四块孝子牌后，终于找到了郭居敬等人所藏、用于弘扬中华孝道之宝藏。故事以寻宝人的亲情、爱情为主线，穿插《二十四孝》原文故事，配合二十四位孝子后人的人生际遇来警示世人，阐释了孝乃立人之本这个道理。
乡下温泉街“西谷温泉”里，侦探兼发明家一之濑洋辅（松田龙平 饰）住在自家废弃的老旅馆，并将这里改造成充满离奇发明品的侦探事务所。曾在美国成功开发“将负面情绪转化为能量”的技术，使小镇出现许多不可思议的装置。每天都有性格独特的居民带来奇怪却温暖的委托，洋辅便以异想天开的机制与奇招处理难题。一桩桩古怪事件在笑声中解决，也让人与人之间的羁绊在这座温泉街悄然升温。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
