云飞雪的父亲云天罡与哥哥云飞山在八年前在护送龙脉的任务中惨遭暗算，云家血脉仅剩年幼的云飞雪，而云飞雪也被一股神秘的力量所寄生，那股力量竟与云飞雪合二为一，并幻化出一个与他一模一样的幻影，幻影寄生于云飞雪的意识之中，时刻准备着积蓄力量，吞噬掉他的神魂。刚刚压制住体内幻影的云飞雪收到父兄惨死的噩耗，心知若想为亲人报仇，重振云家，只有韬光养晦，隐藏实力。他明里游手好闲，背地里却聚集了一个名叫“暗影”的组织，暗中调查当年谜案。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
