同治三年（公元1864）太平天国作乱，福建省骠骑将军林文豪连年争战杀场，趁着回台空隙探望妻儿，不料竟撞见其妻宝霞因不耐长年忍受丈夫不在身边的孤独，决心与文豪多年好友朱士贵私奔，林文豪几经挣扎，决定放宝霞走，往后孤独一人带着女儿林玉环在战场上杀长毛军报效国家。
阿芳（蓝洁瑛 饰）是两个孩子的母亲，这天她却莫名卷入了一起谋杀案。虽然丈夫带着两个孩子四处奔波为她讨回公道，但最终阿芳还是被判了死刑。随后丈夫也抛下两个儿子阿健（黄日华 饰）和阿康（温兆伦 饰）自杀了。云姨虽然只是医院的一名清洁工，收入不多，但不忍心看着两个孩子孤苦伶仃，于是收养了他们，此外云姨还收养了另外两个孤儿，一家五口过着清贫的生活。阿健16岁就为了生计放弃了学业，当了一名出租车司机。阿康十分争气，在大哥的供养下以优异的成绩从香港大学法律系毕业，顺利拿到了律师牌。阿康虽然十分能干，但他为人却十分残忍，为求目标不择手段；而阿健却正好相反，为人十分耿直，在是非面前绝不含糊。两个亲兄弟即将展开一段恩怨情仇！
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
全国首部大型院前医疗急救纪实片。 该片记录了上海“流动的急诊室”内外的故事， 展现了医患间、病人与亲友间的情感与理解，同时科普了急救知识，助推实现“健康中国”。
