沈笑为了向高中的同学和老师证明这个世界上除了上大学外，还有更多证明自己价值的机会和岗位，报名参了军，成为了北港市消防部队的一名消防战士。在部队里，沈笑是一个训练成绩和调皮捣蛋同时冒尖的“刺头兵”，他凡事都要抢个头功出个风头，以期证明自己。后来，面对高中队和老兵黄福生的教诲，面对烈火中战友义无反顾的牺牲，他终于明白了一个道理，军人的价值和荣誉，不是建立在虚荣心和面子之上，而是建立在祖国和人民的利益之上，当兵王，出成绩，不是为了自己，而是为了他人。
家国命运的战争乱流中，不同的人秉持着各自的信念做出迥异的选择，同时承受由此引发的不同的命运。毕业于黄埔军校现为国民党军医的彭天戈（高云翔 饰），坚定着救死扶伤的信念穿梭于枪林弹雨的危险战场。然而他那担任51师参谋长的父亲彭振山（张铁林 饰）战败投降，投敌卖国，却让天戈的命运发生转变。在此之后，他放下救人的手术刀，经过抗日锄奸团火麒麟的训练成为一名令人闻风丧胆的冷血杀手。在这一过程中，天戈与共产党谍报人员宋卓凝（吕夏 饰）、上海滩第一杀手杜善起（吕行 饰）、昔日战友兼恋人柳沉雪（战菁一 饰）产生交集和碰撞。
美国国家运输安全委员会 (NTSB) 调查员埃莉·莫拉罗 (罗伯逊饰) 对一场石油钻井平台灾难的“官方答案”心生怀疑，于是与一位名叫卡特 (戴恩饰) 的秘密线人合作，进行了一项私人调查。卡特声称，美国最严重的灾难背后都有一个“操纵者”的阴谋，他们操纵股市，为少数人牟取数十亿美元的利益。如今，他们数十年来规模最大的行动即将发生，一场灾难即将袭击华盛顿特区，而他们成功的唯一途径就是让埃莉和卡特成为受害者。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
