六王毕，四海一。然天下虽定，乱世未绝。天下第一剑客，始皇帝的近卫盖聂，携故人之子荆天明，为躲避秦始皇的追杀，踏上了荆棘密布的旅程。逃亡路上，天明结识了楚国少年少羽，信奉兼爱非攻的墨家众高手，还有身世成谜的少女高月等人。年少的天明对自己的身世和未来将要经历的一切一无所知，但一个关乎诸子百家，甚至是天下命运的画卷已经展开。
故事发生在一个图腾崇拜的时代，这是一片充满神秘色彩的远古大陆，这里有着各式各 样的生物与原始部落。图腾战士是这个世界里最受人尊崇的职业。他们拥有超越常人的力量与智慧，他们有着坚毅的信仰，他们用各自的方式与力量守护着自己的部落。主人公小鱼便是在这样的环境下成长起来的，即使自身条件不足，却仍以成为图腾战士为目标。在一次阴差阳错中，小鱼竟击败了一只剑齿熊；也正是凭借着这样的运气，他开始了自己的图腾战士之路……
五帝之一青帝封印青麟木，但封印不稳，每隔一段时间就会产生裂隙，狐族为了报答青帝恩德，自愿留下守护青麟木。黑帝封印解除后，瞳洸成长为一个娇俏的少女，她担负起姐姐的职责成为玄水教祭司，以前那个只会依赖别人的小女孩渐渐成长，变得坚强独立起来。而在玄水祭坛上，玄极从黑衣人身上发现了一股熟悉的气息，那气息和自己有着千丝万缕的联系，似乎是一位故人……黑衣人究竟会是谁？
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化……与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
少年宁鱼被人毁掉丹田，受尽屈辱，在偶然之下进入了母亲留下的玉佩之中，发现了神魔养殖场，在养殖场内的神魔帮助之下，重塑丹田，走上了一条完全不同的肉身修行之路。
