法政先锋们的故事还在继续，这次的主角是法证部的高级化验师布国栋（黎耀祥 饰）。号称“人肉百科全书”的国栋知识渊博，且一直不断学习，他与法医科高级医生钟学心（张可颐 饰）既是事业上的伙伴，又是生活中的好友，共同研究工作上的疑难杂事，又互相倾诉生活中的困扰。学心的好友凌倩儿（徐子珊 饰）任职于西龙九重案组，作为高级督察的她，身手了得，和警长李展风（吴卓羲 饰）是好拍档。法医部、警界等因为各类案件而经常需要合作，而正是在他们的联努力下，一起起棘手的案件被侦破。
大理寺少卿张翼(黄宥明 饰)，身负血仇，隐忍潜伏。明面上，他与锦衣卫沈由之（徐杨 饰）联手追凶，从对峙走向协作；暗地里，他正是操纵全局的复仇之手。当所有阴谋指向终点，一场精心策划的正义陷阱骤然收网，众人命运在此刻激烈交汇，于谍影重重中迎来最终的选择。
知青宋大江返城后，因生活窘迫和婚姻失败的打击，拼命地追求金钱。在经历了复杂的情感纠葛后，与女知青陈悦清结成伴侣，收养了一个弃婴，组成了一个“知青家庭”。夫妻俩忽视了对儿子乔生的教育,外婆的溺爱使乔生渐渐堕落。宋大江为了挽救儿子，隐瞒所有人实施了“假破产”计划，并以无颜面对破产为由，远走他乡。陈悦清卖掉了仅存的婚戒和儿子摆大饼摊维持生计。家庭环境的彻底改变使乔生猛然醒悟。在经历了种种挫折之后，他的人生轨迹终于转变了。在深圳创业的宋大江，成了著名企业家。正当一家人将要团聚之时，农村姑娘朱小芳却出现了，她来寻找已丢失了二十多年的儿子，还口口声声说：弃婴乔生就是她和宋大江的亲生儿子。一段尘封多年的知青往事被揭开，横亘在宋大江心中的情结也终于解开，知青岁月中凝结的深情重又在这个知青家庭中升腾，升华
20世纪30年代，狼子野心的日本其实力逐渐渗透到内地，暗中进行着他们不可告人的计划。日本驻哈尔滨生化武器研究小组在黑龙会的监督授意下秘密进行生化武器的研究，但其中一名感染鼠疫的研究员私下逃跑。他在被黑龙会追杀过程中被驻哈守备旅的军医冷风（王雷 饰）救下，但此人最终被特务杀害。鼠疫事件宛如一枚炸弹，令各方势力大受触动，甚至连境外的苏联也派出特工潜入哈尔滨。局势愈加紧张，日本人丧心病狂试图湮灭一切证据，而身处漩涡中央的冷风无疑成为他们最为切齿的对象。
