该剧主要讲述了省城千金初七（徐樱洛饰）为寻找失踪的姐姐十三（谌玮琦饰）而无意间被牵扯进了离奇命案，负责案件的警官吴旭（徐浩翔饰）因怀疑初七是凶手而一路穷追不舍。一切矛头指向了神秘又诡异的小镇凤鸣村，前来找寻十三的初七假冒吴旭警官身份目睹了一件件惊人案件，就在危险逐渐靠近之际，及时赶到的吴旭与青梅竹马谷雨生（雷澍饰）发现了凤鸣村背后隐藏的秘密，十三的失踪、接连的凶杀案都和凤鸣村村长贾全（梁靖晨饰）与十三的未婚夫决明（罗一心饰）有着千丝万缕的关系......
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
第四次长沙会战结束，二龙的部队被打散，他带领一帮弟兄们回到安徽老家，准备和日本人打游击。新四军派出特派员李空山也在平坝镇周围活动，他的任务是找到当地自卫队的首领杨士奇，争取改编他们一起抗日。二龙救下了遭遇日军扫荡的李空山，却无意中误伤了自卫队的杨士奇。李空山说服二龙和自己一起去找杨士奇，二龙的身份却遭到了杨士奇的质疑。日军发起了大扫荡，在李空山的说服下，二龙和杨士奇终于加入了新四军的游击队。游击队接到命令，要去配合一次大规模的反扫荡战役，二龙和李空山决心带着自己的弟兄们留在平坝镇，拖住鬼子主力，掩护杨士奇带领游击队主力前去作战。最终，二龙等人与前来扫荡的日军同归与尽，抒写了一段抗日的传奇。
