死亡通知单的再度出世打破了罗飞的平静生活。专案组重新集结，双方的较量再度开始。与此同时，龙宇集团被新兴势力残酷打压，阿华靠一己之力，死守邓家的产业。几大集团斗得你死我活，岂料罗飞早已周旋其间，设下了重重连环计……另一边，薛天的监狱生活也并不平静，一支神秘的铅笔丢失，引发了监狱残酷大排查，就在警方一无所获时，血案发生了……一场惊天阴谋也悄然登场。罗飞、Darker、阿华，三方的终极角逐即将开始，隐藏在幕后的真相逐渐露出冰山一角……
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
故事发生在二十世纪七十年代，凤凰小镇坐落在凤凰山下，是一个洋溢着宁静与安详气息的世外桃源。单纯善良的何三妹（练束梅 饰）爱上了在思想宣传队工作的李大庆（李健 饰），两人情投意合很快就走到了一起。然而这段感情却被一直暗恋着何三妹的杨豆筋（刘亭作 饰）抹黑成为了“奸情”，何三妹受到了组织的严厉惩罚，被发配到偏远的河东小学任教。之后，杨豆筋又使诈，使得何三妹同李大庆之间产生了误会，杨豆筋此时趁虚而入，欺骗蒙蔽了天真的何三妹，让她成为了自己的新娘。在新婚之夜，何三妹终于识破了杨豆筋的真面目，可是一切都为时已晚，等待着何三妹的，是充满了屈辱和痛苦的婚姻生活。
