女娲使用光明之土造出了率真善良，豪爽正义的龙娃。又用光明之水造出了英姿飒爽，温柔可爱的凤娃，龙娃和凤娃视女娲为他们的母亲。天空中出现了巨大的黑洞，整个人界即将面临灭顶之灾，女娲煮化了五色石，试图填补漏洞，却将龙娃和凤娃也封印在了天上，从此母子被迫分离。伤心的女娲日日思念自己的孩子们，流出的眼泪汇聚在大地之上成为了黄河。
故事围绕着五位少年的校园生活展开，双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希，和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春，以及转校生橘千鹤。一个个清新淡雅的画面，描绘了五位少年一段段幽默温馨的青春故事。在漫天樱花飞舞中，穗稀高中的学生迎来了开学典礼。四名少年曾经在春天相遇，之后便共同度过了许多个春天，今年的他们成为了穗稀高中的二年级生。新学年的开始，冢原要强迫佑希参加学校的社团，运动神经很发达的佑希却情愿躲在家里看漫画……不久后，个性活泼外向的混血儿橘千鹤转到他们班上，原来他曾经是佑希的童年玩伴。自此，五人开始了属于他们的简简单单但又真真实实的青春生活。
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故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
