将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
机智勇敢的龙宝们与邪恶大魔王展开了一段惊险刺激对抗，经历重重关卡解救了被愤怒烟雾控制的恐恐小镇居民们。
老街深处的444号小卖部，是跨越古今的神秘驿站。店主陈默接手这家祖传老店后，发现货架上不仅有寻常商品，更藏着能实现心愿、映照人心的奇幻物件。深夜到访的客人形形色色，有追寻真相的亡魂，有背负执念的生者，每桩交易都牵扯出一段尘封的故事。
本作由监督岩崎良明、系列构成黒田洋介，动画制作J.C.STAFF一同制作。力求能够做出更加可爱更收好评的角色们。而本次见面会中，钉宫也多次强调“第一期是爱情
