传说中每当天道沦丧，轮回走到尽头时，无尽界域中就会诞生十头“太古混沌兽”，他们所到之处天崩地裂，时空颠倒，恒心衰亡，众生罹难。炎黄学子李天命，虽然因奸人陷害辍学，却不气馁，坚毅的精神打动了传说中的“太古混沌兽”，李天命于神兽一起重回炎黄学院，并铲除奸佞，拯救病危的母亲。
星陨之夜后的第十年，东海市遭遇前所未有的兽潮，期间守卫者左辉因擅离职守而犯叛国罪，被判死刑，缓刑十年。八年后，背负着"叛国者之子"骂名的少年左凡，在一次阴谋设计的战场猎兽中觉醒了超级战士系统！从此走上了流星般崛起的道路，在强势逆袭中寻找父亲叛国的真...
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
