公元1093年，大理国公主段芯瑶（乔诗语 饰）的寝殿凤玥阁发生了一场无名大火。芯瑶因私自外出而幸免于难，然而她的哥哥太子却在火海中牺牲。此事使得当时的大理皇室陷入悲痛之中，朝堂上下情绪紧张。芯瑶的母亲蓉妃推测，这场大火可能是有意引发的，而目标恐怕就是芯瑶本人。为了保护她的安全，蓉妃命令军师高升维和侍女喜儿秘密将芯瑶护送出宫，前往中原寻求她的娘家庇护。她们三人接到命令，未经允许不能返回宫廷。
据福斯电视部门老大加里·纽曼透露，新一季《X档案》可能因主演档期问题，延后至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集扩充至10集。作为经典剧集，《X档案》一直有着一批忠实粉丝。 即使在停播了14年后，于2016年初播出了全新的故事，首集便吸引到1350万观众收看。
第六季故事为第五季结束时，萨德侵占莱克斯的身体，并灌输他跟克拉克一样的超能力，还释放一种病毒到地球。
