老中医葛仁义和师哥合开一家中医诊所福安堂，师兄的意外辞世，让庸医老葛成了福安堂的一堂之主。老葛的误诊，让福安堂陷入危机，主攻西医的儿媳杜媛媛力挽狂澜，拯救了福安堂。从此福安堂变成了中西合并的诊所。欣喜之余老葛发现，自己在诊所以及家里的霸主地位遭到了动摇，老葛开始与儿媳明争暗斗。老葛扶老太引出一段忘年恋；大儿子葛当归当不了律师当厨师；二儿子葛刀豆要让福安堂上市……故事过后，老葛一家人仍然继续着自己的生活。
故事讲述的是千年前，三界大战，青帝之子青泽为解救人间跳下诸仙台，其灵魂化为无数碎片，飘落大地。其弟紫苏为复活哥哥，不顾天罚，身中千根透骨钉，终到人间。紫苏以香为媒，搜集青泽的灵魂碎片，并在一次人间战乱中，救下奄奄一息的辛夷，收为奴仆，使其成为碎片的容器。两人开了一间香铺，取名承香苑。拥有碎片的人会被引到这里，紫苏则以交换碎片为条件，满足求香者的愿望。从而经历了一次又一次跌宕起伏的爱情故事和惊心动魄的圆梦之旅。但与此同时，化身国师的反派暴徒玄冥与饮香成性的食香兽花玲儿暗中联手，机关算尽，一心破坏紫苏计划，拖延青泽复活，妄图毁灭人间。
1949年秋天，人民解放军挺进东南，占领福建。国民党军上尉参谋罗进及其家人随败兵车队撤往沿海，途中车队遭受伏击，罗进与妻子刘小凤和出生不久的女儿于战场失散。伏击车队的解放军连长杜荣林下令把战场上拾到的女婴送附近农家收养。后来，他收养了这个女婴。杜荣林一直坚守于海防前线。剿匪期间，他负重伤，与医生秦秀珍产生感情并结婚，那个年代特殊的生活经历使杜荣林和养女杜山感情深厚。后来，杜荣林重返海防部队，杜山考上大学，杜家重现生机。其间杜荣林一直搜寻罗进，想搞清楚其与自己家庭的种种缘由，但是一再失之交臂。改革开放时期，随着两岸关系的发展，罗进父子以台商身份到大陆投资，罗进最终了却心愿认女。杜荣林经受认女冲击和家庭变故，却襟怀宽大入情入理。部队整编后，杜荣林解甲归田离休，住进干休所，他关注海峡，至死不渝。
剧集依然探讨柏拉图式友情的内在运作方式。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
