黑星盟消失后，城市恢复了和平。一宏和朋友们尝试新的融合能量并开始调查陆地上的元珠能力者陆地能力团。某天，陆地能力团攻击了海底宫殿，面对拥有新武器的蛮酷二人组，一宏毫无还击之力。而后，曾前往异次元寻找黑星盟的齐冰洋回来了。变得更强大的齐冰洋一行人决定帮助一宏和朋友们对抗陆地能力团。在黑星皇消失的地球上，陆地能力团企图通过消灭海里的能力者来控制地球。海陆两地的元珠能力者间的战争就此展开！
田小班是一位十岁大的男孩，他的生活因为一个撞上地球的陨石而永远改变。从天而降的陨石带来了 Omnitrix，让他拥有变身成十种以上外星英雄的能力，而每一个英雄都有独特的神奇力量。自此，阿奔成为一个超级英雄。在爷爷马克与堂妹小玟的帮助下，阿奔肩负起保卫世界的任务。
刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开……本片根据岸本齐史的漫画原作改编，为该作品第九部动画剧场版。
