1960年代的中国，一名年轻女性的关键决定掀起跨越时空的波澜，影响了一群身处现代的杰出科学家。自然法则在他们眼前逐渐支离破碎，五位曾经共事的科学家必须再度合作，化解人类史上最重大的威胁。
李献计是一位患有差时症的病人，一直以来，他都坐在电脑前玩一款据说没有打通关过的游戏，为此李献计不惜以卖肾为代价。李献计在高人指点下得知要想打通关这款游戏，就要花50万元买一种兴奋剂，为此李献计经历了一段充满传奇的旅程，可是因为差时症的原因，那段旅程在他记忆里被奇迹般地缩短了。李献计不顾一切想玩通关这款游戏是因为传言只要打通这款游戏，就可以回到过去，李献计想要回到和王倩分手的时候。功夫不负有心人，李献计终于打通关了这款游戏，可是结果却并不是他最初想象的那般，可是李献计并没有放弃，直到慢慢老去……
在一个科技发达、生活便利、和谐美好的小镇上，诞生了世界上第一台人工智能校巴——百变校巴。百变校巴守护着阳光森林幼儿园的小朋友们，在小朋友们心中，百变校巴温和耐心、充满智慧，就像一个无所不能的大哥哥，陪伴他们成长。
纱名（大和田仁美 配音）自幼生活在“研究所”中，从未涉足过外面的世界。她拥有能够任意改变周遭物体的超级能力，因此被当做“危险品”一般受到重重监护。某日，再也忍无可忍的纱名逃出了研究所，随即遭到了组织的追捕。无处可去的纱名在走投无路的境遇下遇见了名为㭴村藏六（大冢明夫 配音）的老者，善良的老人收留了纱名。藏六和孙女早苗（丰崎爱生 配音）过着相依为命的生活，如今家中多了一个女孩，生活倏地热闹起来。和纱名一起逃出来的，还有个性大大咧咧自由奔放的雏雾朝日（藤原夏海 配音）和她的双胞胎妹妹雏雾夜长（鬼头明里 配音），女孩们所要面对的，是步步紧逼的研究员以及她们扑朔迷离的身世。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
小林一家将迎来前所未有的挑战，异世界两大阵营战火一触即发，康娜父亲奇姆恩卡姆依决定带康娜归返异世界。“再见了，小林……”康娜将如何选择？
