小苞、劳拉和茱莉是三个非凡的10岁小女孩。她们过着看似正常的生活，然而，她们三人其实是在莓果情报局执行著名为”莓果小娇娃”的卧底工作，这是一个选上她们执行特殊间谍任务的秘密机构。这些女孩都以一种莓果的代号命名，机构负责人莓果小姐每集都会给她们一些小道具。女孩们必须时常去打击塔拉拜兹、艾伦幻影和葛莫跟翡娜绿拇指等反复出现的坏人的邪恶计划，在每集的最后反派们逃脱，于另一天又与女孩们战斗，之后一切又恢复正常。
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
