在江户深川的长屋里梦想成为医生的女孩子阿市拥有一种特别的力量，能够听到在遗憾中死去的人们的“声音”，看到他们的“身影”。性格开朗、积极向上的她边帮助身为父亲的城镇医生松庵，一边与调查员的头目仙五朗一起逼近人性的黑暗，解开不可思议的事件之谜。
故事讲述青少年谢尔比（泰勒饰）和赛德（本德饰）在一次科学实验中出错后，脱离了时空束缚，在时间中穿梭。少年天才巴里随后帮助女孩们掌握了她们的新力量。
高中生桐谷修二（龟梨和也饰）是学校里的人气王，为人八面玲珑，深受老师和同学喜爱，还有个人人称羡的女朋友真理子（戸田恵梨香饰），但事实上，他从来只是把这一切当作无聊的游戏，就像戴着假面般，说话做事全然不是出自真心。最让修二头疼的是同班的怪人草野彰（山下智久饰），说话做事全不按牌理出牌，还自称了解修二老是缠着他。某日，班里来了一位转学生小谷信子（堀北真希饰），总是面无表情沉默不语的她很快遭到了女生们的排挤和欺负，“这是个我无法生存的世界，再怎样努力也无济于事。”听到信子说出这样丧气的话，心生同情的修二和彰萌生了帮助她的念头，他们拟定了名为“野猪大改造”的计划，一步一步将信子从自闭的阴影中脱离，成为受欢迎的对象。
在上一季中，朗娜由于用元素石自卫，而杀了人...元素被污染引发了流星岩直接撞击地球一个小镇---史摩维尔。朗娜逃亡中不幸坠机后究竟看到了什么？而另一方面，克拉克无故消失在洞穴中却出现南极腹地...克洛依和ＬＥＸ究竟发现了克拉克的秘密没有呢？...在这一季中，一切迷团的答案....
