毫不妥协的记者安娜在遇到一位有影响力的陌生人后，发现自己正在领导一项不寻常的调查。物理老师瓦迪姆和相机技师尼基塔帮助她揭开一系列神秘的谜团。
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
当二战行将结束之际，核爆的阴云笼罩在广岛和长崎的上空。科技的发展对我们所处世界的安全所造成的影响是显而易见的。美国差一点就在核竞赛中失利，它也不会有如此的好运。在阿尔伯特·爱因斯坦和一群值得信任的顾问的建议下，亨利·S·杜鲁门总统批准一项绝密计划，即在太平洋西北部偏远的地区设立一个住宅区，用以保护和照料全美最珍贵的人力资源。在那里居住的将是全国最伟大的思想、致力开创科学新纪元的天才科学家。在这里他们将受到最悉心的照料、获得最佳的科研环境。最顶尖的建筑师和规划师们被召集到一起，来打造一个适宜这些超级天才居住的社区。这里能为他们的孩子提供最好的教育，为他们提供最好的医疗服务，在这里生活的每一个人都能这个地方能为他们的孩子提供最好的教育，最好的医疗服务，最好的生活福利设施以及生活质量。建设中的小镇堪与美国任何一个田园风光优美的小镇相媲美。他们之间只有一个区别：即这个小镇不会出现在任何地图上。至少在五角大楼也被列为“最高机密”。
