1946年，虽然国内大局势依然动荡不安，不过毗邻南海之滨的厦门则照常是一派生机盎然的和平景象。经营富祥绸缎庄的掌柜刘裕生意兴隆，家和安泰，他与夫人罗衣云共同育有士杰、士文、亚琪、士华、亚萍等五个子女。却没想到，在他们最快乐的这一时刻，竟是苦难和离乱的开始。中秋佳节，士文不慎遭人拐卖，刘掌柜和妻子追查儿子下落时双双溺水身亡。在此之后，富祥绸缎庄呼喇喇如大厦倾，万贯家产星飞云散，幼小的孩子们过早的承受了父母双亡的创痛，更在接下来的一系列变故中分隔海峡两岸。
年代战争题材 这个戏写的是白洋淀雁翎队的故事，大家知道的《小兵张嘎》说的就是那里的事儿，不过《水上游击队》的主人公是游击队的队长魏光明和副队长丁水妹，嘎子在里面晃了一眼，只是一个很小的配角，按照现代的人性观念，我觉得让一个小孩子去打打杀杀是不太人道的。真实的战争是残酷的、枯燥的、恐惧的、混乱的，肯定不像文艺作品中那么曲折离奇、悬念迭出、激动人心。为了让戏好看，正邪双方的力量和对抗都加强了很多，而且，本剧中的各方都足够聪明，因而对杀起来就更加扑朔迷离、惨烈异常，看过剧本的同志评价，这个戏的节奏和对抗性都很“美剧”。另外，在创作剧本的时候还保留了一点私心，尽可能地还原历史的大背景，比如并没有刻意丑化日军，对于我军“平型关大捷”、“百团大战”尽量去除水分，做客观描述，对国军在抗战中的贡献有所交代，还特意安排了一个前国军的营长参加雁翎队，做教官。
剧集分为八个单元故事，讲述马德钟所演的非常检控观带领一众团队，透过非一般的手法，为受害人寻求公义，带出非常检控观念。
解放重庆的最后一次战役打响后，西南特区代区长廖一潭部署渣滓洞白公馆特务和刽子手潜逃、潜伏等有关事宜，并全权负责指挥执行一项代号为C30计划的秘密行动。一直隐蔽在敌人内部、代号叫“山鹰”的地下党员将敌人行动目标通知了地下党后失去联系。刚刚建立的重庆市公安部长刘灿作出了三个重大决定：一是吸收地下党联络员黄菊芳加入公安队伍，尽快联系“山鹰”，二是启用伪警察赵金斗加入刑警队；三是组成敌特人员甄别小组。潜逃人员接二连三的袭击解放军，破坏市政重要设施，公安部损失惨重。绰号叫“猫头鹰”的刽子手，多次化装在市区出现破坏，却几次逃脱。周畅经过千辛万苦，终于把“山鹰”的情报送出，公安部周密部署，最后抓获了全部执行C30计划的刽子手。
