美国国家运输安全委员会 (NTSB) 调查员埃莉·莫拉罗 (罗伯逊饰) 对一场石油钻井平台灾难的“官方答案”心生怀疑，于是与一位名叫卡特 (戴恩饰) 的秘密线人合作，进行了一项私人调查。卡特声称，美国最严重的灾难背后都有一个“操纵者”的阴谋，他们操纵股市，为少数人牟取数十亿美元的利益。如今，他们数十年来规模最大的行动即将发生，一场灾难即将袭击华盛顿特区，而他们成功的唯一途径就是让埃莉和卡特成为受害者。
据福斯电视部门老大加里·纽曼透露，新一季《X档案》可能因主演档期问题，延后至2018年底或2019年播出。但有望由上季的6集扩充至10集。作为经典剧集，《X档案》一直有着一批忠实粉丝。 即使在停播了14年后，于2016年初播出了全新的故事，首集便吸引到1350万观众收看。
故事发生在北方小城南石市，为了维护法律正义，公安局廖芳华将以薛风、萧琳、鲇鱼头、王泉为首的犯罪团伙抓进了监狱，临近公审，薛风却在转移监舍时被刺，鲇鱼头在越狱时被触电，只有萧琳因为怀孕不适合羁押，不得不放出去监视居住。萧琳为了掩盖自己的罪行，表面装得遵纪守法，暗地里却指使手下黄平安打捞王泉，获取掌握在王泉手里装有自己和薛风犯罪证据的一个优盘，并企图在廖芳华儿子身上下手，搞垮廖芳华的意志，为自己争取时间，达到逃脱法网的目的。廖芳华率领干警层层剥笋，紧紧抓住萧琳犯罪集团内部矛盾，为寻求自保留下的证据线索，排除一个又一个障碍。薛风的秘书张云为求自保，刺杀了萧琳，就在她企图夺回优盘并销毁时，被廖芳华一举
第二季中，艾尔维拉·克兰西（Elvira Clancy）饱受挚爱父亲去世的痛苦折磨。她再次寻求杀戮的慰藉，却被镇上一位神秘的新凶手抢先一步。当地警官罗斯警探怀疑维拉犯下了这起谋杀案，但实际上她并没有犯下这起谋杀案。艾薇拉决心亲自破案，并结识一位潜在的“知音”
2262年，地球军上尉伊丽莎白·洛克利被任命为巴比伦5号空间站的指挥官。该空间站逐渐发展成为逃离灵能部队的叛变心灵感应者的庇护所，并由此引发了冲突。前纳尔恩驻巴比伦5号空间站大使格卡尔，在纳尔恩-半人马座战争期间被监禁期间所著书籍出版后，不情愿地成为了精神偶像。德拉克人，曾经的暗影联盟盟友，留在银河系，通过一种名为守护者的寄生生物控制了半人马座主星上的摄政王维里尼，并挑起半人马座与星际联盟之间的战争，目的是将半人马座与星际联盟隔离开来，为自己争取一个可塑的家园。
临近新年，海舟市老牌商场罗百百货突然发生沉降事故，致使13人被困地下。这场时间与生命的赛跑，带来的是人性、道德与信仰的重重考验…….
