这是一个开心球的世界，在这个世界有着许许多多神奇不可思议的东西。在这里生活着许许多多的开心球们，有善实践的科学家平博士、有知识渊博的鹿教授、还有天真活泼的兔小跳和可爱善良的猬小弟等等。他们一起斗智斗勇、嬉戏打闹，一起坐着平飞船去探讨世界和宇宙中的未知奥秘，小到微观世界的原子大到宇宙大爆发。没有它们做不到的，只有它们想不到：从生物学到物理学，从万有引力再到宇宙混乱论...平博士它们总能通过亲身实践把枯燥乏味的诺贝尔科学知识变得生动并且有趣易懂。
一切的开始追溯到1987年9月，在日本某处发生的离奇事件。事件发生之后的10多年来一直和未知的威胁对抗的火岛博士和与那岭博士组成了开发小组并在双神岛建设了研究所，著手进行地球制弹劾凰机械人的开发计划。多年后，终于完成了称之为“素体”的机械人原型机体。但是，就在这时候，主张此后的量产计画应以生产导向及效率为优先的无人驾驶机械人的火岛博士和为了防止万一机械人不听指挥发狂时的危险性的有人驾驶机械人的与那岭博士之间产生对立。经过长久激烈的争论后，火岛博士的提案因为危险性太高的理由被驳回而决定生产有人驾驶的机械人。火岛博士同时也被逐出研究所。
公元1333年，为日本的武士治国打下基础的镰仓幕府，因为深得信赖的幕臣·足立高氏的谋反而灭亡。失去一切、被推入绝望深渊的幕府正统继承人·北条时行，在自称是神的神官·诹访赖重的指引下逃出了化为焦土的镰仓……。时行在逃亡到诹访后，遇见了值得信赖的伙伴，并慢慢累积夺回镰仓所需的力量。面对时代变迁的惊涛骇浪，与「战斗」、「死亡」的武士生存之道背道而驰，时行选择以「逃跑」、「求生」克服困境。开始于这英雄众多的乱世，时行重新夺回天下的鬼抓人游戏将如何发展呢――。
