空间中有两个世界，一个叫元，一个叫易。两个世界的人生死相依，若一个世界的你死去，另一个世界的你也将同时死去，一个自称“解梦人”的神秘女人这样告诉元世界的念阳枭。元世界念阳枭的父亲念正元突然离世也印证了这一点，为了保护自己心慕之人——空灵慧免遭意外死亡，念阳枭毅然决然跨越两个世界的边缘来到易世界，去寻找一个身上有红色印记的女人，因为这个女人会直接导致易世界空灵慧的死亡进而直接威胁心怡之人的性命。为此，念阳枭踏入易世界获得超乎想象能力的同时，他再也无法回到回来的世界。
这里是空中漂浮着众多岛屿的空之世界。在信奉神秘的岛屿“赛克汀瑟”上生活的少年格兰，以及会说话的羽蜥碧，某天，遇见了谜之美少女——露莉亚。露莉亚，是从企图以强大的军事力量支配这个空之世界的军事国家艾尔斯提帝国那里逃来的。格兰与露莉亚为了逃离帝国，带着格兰的父亲留下的写有“在星之岛伊斯塔鲁西亚等着”的书信，展开了前往壮大天空的旅程。格兰，在赛克汀瑟岛和羽蜥碧一起生活的少年。以失踪了的父亲留下的书信写着的“星之岛，伊斯塔鲁西亚”为目标，平时总是日不间断地锻炼，爱向有困难的人伸出温暖的援手。以跟露莉亚的相遇为契机，离开故乡踏上旅途。露莉亚，拥有驾驭星晶兽的能力的少女。被试图研究这种特殊能力的艾尔斯提帝国幽禁起来。从帝国逃脱过程中被格兰所搭救，和他一起踏上旅途。碧，从格林小时候开始就伴随其左右一起生活，如同搭档般的存在。喜欢吃苹果。讨厌被别人当作蜥蜴和小动物对待。卡塔莉娜·亚莉泽，艾尔斯提帝国的骑士。曾经担任露莉亚的护卫和监视工作，但是知道了帝国是想利用露莉亚来获取强大的力量一事后，向帝国举起了反旗。把露莉亚当作妹妹一样重视。拉卡姆，操纵飞渡天空的飞艇“骑空艇”的精明能干的操舵士。受到过去的事故的打击而拒绝再乘上骑空艇。虽然看似很粗鲁的一个人，实际上是很会照料别人，也有好管闲事的一面。
距离我们上次见到武士杰克已经过去了 50 年，时间对他并不仁慈。阿库摧毁了每一个时间门户，杰克停止了衰老，这是时间旅行的副作用。他似乎被诅咒了，只能永远在这片土地上游荡。他的过去一直困扰着他，还有一群刺客为了阿库的荣耀而致力于杀死他。
《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。第二季STAFF和声优会由原班人马担任，“钉宫之誓”依旧强势走高。夏天结束后，新学期开始了许多事物没有任何变化，但是同时也有不少事情逐渐发展着…池和吉田，绪方和田中之间产生了些许微妙的关系还有在我身旁，飘逸着长发的夏娜…但是，这一切似乎有着一丝奇怪的违何感在我们所不知道的地方，红世之徒再次展开了行动…
故事发生在第二次世界大战中，由于无线电通信已经不安全，所以英国军方开始训练军鸽，利用他们来和法国地下抵抗组织和盟军进行通讯。野鸽子“勇士”看到这么多同类为国出力，也跃跃欲试。于是，“勇士”想尽办法混到了军鸽中，未经过训练的“勇士”和其他军鸽相比显得有些力不从心。但事有凑巧，“勇士”接到二战中最严峻的任务，把诺曼底登陆的情报送到盟军手中。面对敌军凶狠的军用猎隼，“勇士”能否顺利完成任务？
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“为什么谁都不记得真正的世界呢……！”
