剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。
一九四三年秋，日本帝国主义对中国的侵略战争进入了最后的疯狂阶段。为了粉碎日寇的清剿，临江城的抗日组织精心准备了一批军用物资要交给游击队，但交接物资的时间、地点被日本宪兵司令部发现。于是一次计划十分周密的行动猝不及防地变成了一场大屠杀。联系人牺牲、物资失踪，一夜之间，组织和游击队之间的联系也中断了。智勇双全的欧阳锋危急之中受命赶赴临江城，带领一大批中华民族的优秀儿女，最终将物资找回，并在爱国人士帮助下将物资送回游击队驻地。欧阳锋等人与日寇和汪伪特务之间展开了一次又一次的残酷斗争，完成了一次又一次上级党组织交给的任务，最终书写了一曲可歌可泣的抗日英雄赞歌。
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解放重庆的最后一次战役打响后，西南特区代区长廖一潭部署渣滓洞白公馆特务和刽子手潜逃、潜伏等有关事宜，并全权负责指挥执行一项代号为C30计划的秘密行动。一直隐蔽在敌人内部、代号叫“山鹰”的地下党员将敌人行动目标通知了地下党后失去联系。刚刚建立的重庆市公安部长刘灿作出了三个重大决定：一是吸收地下党联络员黄菊芳加入公安队伍，尽快联系“山鹰”，二是启用伪警察赵金斗加入刑警队；三是组成敌特人员甄别小组。潜逃人员接二连三的袭击解放军，破坏市政重要设施，公安部损失惨重。绰号叫“猫头鹰”的刽子手，多次化装在市区出现破坏，却几次逃脱。周畅经过千辛万苦，终于把“山鹰”的情报送出，公安部周密部署，最后抓获了全部执行C30计划的刽子手。
