讲述木匠天才小康用智慧解开了千年鲁班锁，与锁中的榫卯精灵共同探索木匠技艺的奥秘，用坚持与努力践行工匠精神，在校园中与同学们共同学习、展开竞争、共同成长，最终合作共赢，帮助人们解决难题，领悟了匠人匠心的精神，传承了匠人文化的故事。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑…
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故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
“只要我再升十级，就能再次开启基因锁，到时候我就能毁灭这个星球！”穿越未来，重生在一个学院垫底废柴的身体上，在这怪异与巨兽共存的未来世界，林修意外获得升级系统，超越人体极限，吞噬星空！
