继续展现ICAC如何锲而不舍，打击层出不穷的贪污舞弊罪行，不让繁荣稳定的香港因一小撮人而负上沉重的代价。《廉政行动二○○四》分为五个单元剧，分别是由贩卖外国护照改编的“终极斗智”、由解款车走私案改编的“不一样的赌注”、改编自首宗因身为公职人员行为不当而犯罪的“以权谋私”、廉署同一时间调查两宗涉及税务贪污案件的“猎户天龙”，以及综合所有公营房屋短桩案而成的“短桩”。
这是一个虚构的故事……北方大学地质系的几位教师，利用假期在野外考察，终于有了重大发现，结果乐极生悲……
贤俊（李秉宪 饰）和思宇（郑俊浩 饰）为NSS（国家安全局）要员，均爱上了美丽上司胜熙（金泰熙 饰），但后者与贤俊情投意合。副局长白山派他们营救科学家，后者死前将一U盘托付贤俊。白山密派贤俊暗杀朝鲜2号人物，贤俊不辱使命，却遭灭口，出于兄弟情，思宇放了贤俊。后者准备与胜熙逃亡时遭遇爆炸。贤俊逃亡日本，并与追踪他的朝鲜特工善华（金素妍 饰）冰释前嫌，共同进退。死里逃生的胜熙坚信贤俊在世，多次违规调查。贤俊在日本遭到追杀，连累救命恩人一家惨死。走投无路的贤俊投靠了朝鲜，并随恐怖组织攻击了NSS总部，见到了朝思暮想的胜熙，但仍无法相认。贤俊终于解开了U盘的秘密，原来白山是自己的杀父仇人，而这背后还隐藏着一个神秘组织——IRIS。朝韩双方高层会谈，卫队长密谋制造恐怖爆炸。追查中的胜熙被恐怖分子生擒，爱人竟以仇人面目相对，迎接他们的是更加残酷的阴谋……
