名叫司马博铭（王志文 饰）的男人是阳光医院响当当的心胸外科大夫，他医术高明，为人正直，是医患可以信赖和托付的对象。某天，阳光医院迎来了几名新成员，他们分别是富家女关姗（刘思言 饰）、在美国深造归来的外科医生韩子航（霍建华 饰）、在学期间成绩突出的巩凡（徐囡楠 饰）、从县级医院送来的代培医生任丘（张浩天 饰），他们全部归于司马医生的麾下学习。这里的病患多种多样，有早产的死刑女囚郝琳、有郁结着诸多秘密乖僻孤独的胸腔积水病人陈佳子……
征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪…
《被告人》围绕着一个强力检察官成为死囚逃脱罪名的故事而展开，讲述了故事的主人公是一个未认证过被告人有罪的大韩民国最佳强力检察官，一系列的突发事件是他沦为被关在监狱看守所里的人。而更为糟糕的是他在一系列事件发生之后记忆全部暂时丧失，这为他洗刷冤屈增添了不少的难度。他也进入人生最糟糕的两难选择，开始陷入检察官的迫切殊死的斗争中。
