《宇宙护卫队》第一季故事围绕着正直勇敢的队长老虎“风暴”，天生的行动派猴子“闪电”，知识渊博头脑聪明的兔子“彩虹”三位宇宙护卫队队员展开。他们乐于助人、帮助不同的小动物们解决各类问题，三人相互协作，一同保护地球上的动物居民。每一集他们都会帮助一个小动物，并在执行任务的过程中学会接纳彼此的不同。而在帮助每个小动物的过程中，他们也会了解到这些动物身上的特征，比如海马是爸爸负责“生育”宝宝，猪的嗅觉居然比狗还灵敏等等。
四百年前，现代文明崩溃，如今的世界陷入刀剑与魔法交锋争权的混乱局面。黑暗叛军矢言要让破坏之神安瑟勒萨克斯起死回生。他们在实力惊人的四天王率领下持续开疆拓土，意欲掌控全世界。位于中央金属大陆的梅塔里卡纳王国惨遭魔法师带领的黑暗叛军攻击。为了拯救王国，大祭司的女儿提亚·诺特·洋子必须做出一项决定：将封印在儿时好友吕西安·仁忍体内，曾图谋掌控全世界的古代大巫师复活。而解开封印唯一的办法，就是献上处女之吻。危险迫在眉睫，洋子吻上吕西安的唇。就在这一刻，空气中顿时出现一股惊人的黑暗力量。最强大、最疯狂、最艳色逼人的传奇巫师暗黑施奈德就此复活！
由人类思想和情感产生的“电子脉冲”被用作人工智能辅助装置“Sapotama”的能量来源。在这一惊人发展的阴影下，出现了可怕的怪物。数码兽是通过消耗电子脉冲进化的生物。天马智郎在与突然从他的Sapotama中出现的月光兽相遇后，经历了一段非同寻常的经历。在与泽城京以及赏金猎人小队“黄金黎明”的其他成员一起生活期间，智郎重新下定了决心。人类和数码兽将创造出怎样的未来？
